Esos Unowns existen PERO solo en Leaf Green y Fire Red, por ningún motivo los puedes adquirir en la versión crystal.
Al capturar los 26 Unowns como dices, solo se habilita la impresora y nada más.
Los Shinys salen al azar, si encuentras a uno y lo matas, lo habrás perdido para siempre amenos que por coincidencia en un futuro te topes con un shiny de la misma especie.
Los starters de kanto debes conseguirlos de versiones anteriores.
Para conseguir la posibilidad de que salgan shinys mediante cría en la versiòn crystal, es bastante alta, cuando pones al

azul y

/squirtle/charmander o cualquier otro pokemon (excepto legendarios) en el centro de crianza.
Lo del

azul se explica en esta misma pág, en la sección de trucos de Oro/silver/crystal
Suerte.