Pues en realidad la Pokédex no se descompone, solo se alteran sus datos y no tiene gran importancia, para volverla a la normalidad solo tenemos que volver a capturar o ver a los Pokémon que faltan por registrar. Si a lo que te refieres es volver la Pokédex a como estaba antes de hacer el truco, no he encontrado la forma de hacer eso (de hecho creo que eso es imposible).
En mi caso y al observar en diferentes partidas, concluí que la Pokédex se altera cuando juntamos más de 7 Pokémon en la Party, además de la Pokédex, también afecta la UnownDex y ocurren eventos curiosos, por si te interesa, eso lo expliqué en
ESTE post.
Respecto a lo que te sucedió con Raikou, fue curioso pero a la vez obvio. Al alterarse la Pokédex, enloqueció al punto de que registró a Raikou como capturado cuando en realidad todavía no lo habías visto, en ese caso lo unico que faltaba era ver un Raikou para que la Pokédex lo registrara como visto aunque en ese momento ya estaba registrado como capturado.