Lo de "multiplicar" o la "clonar" (como es tambien conocido) pokemon, es un erro de programación de los juegos, pokemon rojo, azul , verde, amarillo, oro y plata. Y curiosamente en estas dos ultimas que aparecieron después el error es más facil de sacar.
Pra clonar a los pokemon necesitabas colocar el pokemon en un caja, enseguida cambiar de Caja y cuando se salvaba apagar el juego. Por si no te has dado cuenta, en pokemon Ruby no se guarda cuando cambias de caja y por ello el error no ocurre.