Es imposible cambiar la naturaleza de un pokémon, menos la de un legendario... ambos, ya sea normal o leyendario, concuerdan en algo similar y es el hecho que al ser capturados ya vienen con una naturaleza definida.
La única forma de obtener uno con la naturaleza que quieres sería, en tu caso, comenzar una partida desde el inicio, grabar antes de la batalla contra el pokémon e intentar capturarlo con dicha naturaleza ( de no ser la que quieres reinicias y le capturas de nuevo ya que su naturaleza cambiará ); Las dos opciones que descartaste sería las únicas formas posibles así que armate de tiempo c;