Veréis, os pongo en situación:

Tengo un equipazo en pokémon Zafiro, y me gustaría pasarlo al Perla, pero como al pasarlo al Perla luego no se puede devolver al Zafiro, quisiera saber si existe algún modo (seguro a ser posible) de clonar pokémon en Zafiro (así al menos podría llevar al Perla los clones ).

no se puede ya cheque en todas partes solo en la esmeralda se puede clonar estoy diciendo de ruby zafiro esmeralda

Pues en éstas dos no existe la clonación, es únicamente en Esmeralda.
Si tienes ésta, puedes intercambiar a tus Pokémon y hacerlo.
En éste tema está muy bien explicado los pasos.

Salu2! ^^