Una vez que hayas pasado la liga, debes ir al norte de la isla 1 para llegar al Mt. Ember (Monte Ascuas), e ir por la derecha, donde antes no podías entrar porque ese camino estaba bloqueado por el Team Rocket, pero ahora sí puedes. Vence al Rocket de ahí y sigue tu camino entrando a la cueva, donde conseguirás el Rubí.
Regresa al Centro Pokémon y entrégaselo a Celio, quien luego te dará un pase para ir a las demás islas (4-7), en una de ellas consigues el Zafiro (te lo dejo para que lo descubras, aunque si no lo consigues pregunta acá).
Por cierto, durante este recorrido encontrarás mensajes escritos en Braille (el lenguaje que usan los ciegos para poder leer). Si no conoces el alfabeto Braille, te recomiendo que lo investigues en Google, para poder descifrar esos mensajes.
Suerte.