Si de verdad se quiere hagamos eso. Empecemos por descargas:
Descarga activa
Descarga inactiva
Juego no aparece
Nintendo 3DS:
Pokédex 3D
RAdar Pokémon
Pokédex 3D Pro
En soporte físico:
Super Pokémon Rumble
Pokémon Mundo Misterioso: Portales al infinito
Pokemon X (próximamente)
Pokemon Y (próximamente)
Nintendo DS:
Pokémon Aventura de las Teclas (incluye teclado real, que, obviamente, no se puede descargar)
Pokémon Link
Pokémon Dash
M. Misterioso Equipo de R. Azul
P.M.M. Exploradores de la Oscuridad
P.M.M. Exploradores del Tiempo
P.M.M. Exploradores del Cielo
Pokémon Diamante
Pokémon Perla
Pokémon Platino
Pokémon Blanco
Pokémon Negro
Pokémon Blanco 2
Pokémon Negro 2
Pokémon Ranger
Pokémon Ranger Sombras de Almia
Pokémon Ranger ¿Battonage?
GBAdvance:
Pokémon Rubí
Pokémon Zafiro
Pokémon Esmeralda
Pokémon Rojo Fuego
Pokémon Verde Hoja
M. Misterioso
Equipo de R.Rojo
Pokémon Pinball
Game Boy:
Trading card game
Pinball Rojo/Azul
Puzzle challenge
TCG2
Pokémon Oro
Pokémon Plata
Pokémon Cristal
Pokémon Rojo
Pokémon Azul
Pokémon Amarillo
Pokémon Rojo / Verde JP
N64:
Pokémon Stadium
Pokémon Stadium 2
Pokémon Snap
[b]Game Cube:
Super Smash Bros Melee (no es de Pokémon, pero se hace referencia a ellos)
Pokémon Box: Rubí y Zafiro
Pokémon Channel
Pokémon Colosseum
Pokémon XD: Tempestad oscura[/b]
Wii:
Pokémon Battle Revolution
Super Smash Bros. Brawl (no es de Pokémon, pero se hace referencia a ellos)
PokéPark Wii: La gran aventura de Pikachu
PokéPark 2: Un mundo de ilusiones
My Pokémon Ranch (WiiWare)
Pokémon Fushigi no Dungeon Boukendan (WiiWare, solo en Japón)
Pokémon Rumble (WiiWare)
Pokémon Snap (Consola Virtual)
Pokémon Puzzle League (Consola Virtual)
Super Smash Bros (Consola Virtual, no es de Pokémon, pero se hace referencia a ellos).
Si falta algún juego o lo que sea, avisad. También decir que sería muy recomendable que los juegos se encontrasen en http://pokemon-stats.com/descargas/
Viendo ese link, he descubierto que muchos de los link que no sirven es porque llevan a Mediafire (o a otros sitios donde el contenido está muerto) pudiendo usar el archivo del foro (es decir, Math es un poco tonto), también ahí hay los link de los juegos en inglés.
En conclusión, se debería añadir lo que falta y reparar links.