Prologo:
Ha pasado un tiempo desde los ataques del Equipo Galaxia en Sinnoh, Dialga, Palkia y Giratina volvieron a sus mundos, pero cuándo una nueva amenaza aparece , solo ellos 3 podrán detenerla, pero antes, deberán transformarse en humanos para encontrar la máquina de Helio que les quitó sus poderes, para enfrentarse a esa amenaza. Pero en su camino deberán enfrentarse a los líderes de gimnasio y atrapar Pokémon, algo que no les será tan fácil, desde que León, Maya y Barry desaparecieron en su viaje, nadie pudo llegar hacia la liga Pokémon y los gimnasios cambiaron sus líderes y sus ciudades, debido a un terremoto que derrumbo todos los lugares, excepto el Monte Corona y la Liga Pokémon, es más, en este tiempo hay reuniones para eliminar la Liga Pokémon, cosa que Dalg, Palk y Grat impedirán.