En el modo historia el personaje principal será Roxas, el Incorporeo (Nobody) de Sora, y sus misiones como miembro de la organización XIII. En las cuales a través de los informes de Ansem "El Sabio" buscará obtener su corazón, cabe mencionar que este videojuego se sitúa entre Kingdom Hearts Chains of Memories y el Kingdom Hearts 2, es necesario haber jugado Kingdom Hearts Chains of Memoires, para poder entender la relación entre Roxas, Sora, Riku y Axel. ( La verdad, yo solo había jugado los dos primeros y entinendo el argumento perfectamente... xD )

Este modo presenta dos opciones, el modo misión en solitario y el modo multijugador. El modo cooperativo o multi-jugador fue anunciado en el Tokyo Game Show 2007 demostrando que los jugadores pueden ayudarse mutuamente. Este modo será a base de las misiones que fueron completadas durante el modo historia, estas incluyen modo cooperativo y competitivo. Permitirá a 4 jugadores jugar como cualquiera de los trece miembros de la organización XIII con diferentes armas y habilidades. También permitirá usar la pantalla táctil para la comunicación entre los jugadores y todos lo podrán ver en la misma pantalla. ( De este modo también cabe destacar que se pueden desbloquear nuevos personajes si se avanza en el Modo Historia )

Cuando Sora se convierte él mismo en un Sincorazón para liberar el corazón de su amiga Kairi en KH 1, su incorpóreo, Roxas, nace. Sin embargo, a diferencia del resto de incorpóreos, Roxas recuerda pequeños trozos de su vida pasada como Sora. Tan pronto Roxas es encontrado por Xenmas, el líder de la Organización XIII, es reclutado como su decimotercer miembro. Cada día le envían a hacer misiones a otros mundos, tanto acompañado de sus otros miembros como sólo, para matar a los Sincorazón, liberando corazones robados y consiguiendo la meta de la Organización que es invocar Kingdom Hearts y convertirse en seres completos. Mientras estaba en la Organización, es tutelado por Axel, y rápidamente se convierten en amigos. Poco tiempo después de la incorporación de Roxas, aparece un decimocuarto miembro: Xion, que, como Roxas, no sabe nada acerca de su pasado y que también puede blandir la llave-espada, y poco a poco se empiezan a conocer más y forman un trío de amigos.
Sin embargo, distintos sucesos que hacen que el grupo se disperse empiezan a ocurrir. Diz y Naminé miran el progreso de Sora de recordar sus recuerdos perdidos en "Chain of Memories". Roxas empieza a preguntarse porque puede blandir la llave-espada y empieza a dudar acerca de los objetivos de la Organización. Xion, mientras, se encuentra confusa tras un encuentro con Riku, que le pregunta qué quién es ella y porque blande la llave-espada, y empieza a separarse de sus amigos. Pronto el deseo de Xion de convertirse en un ser completo le hará abandonar a Axel y a Roxas, volviéndose hostil a ellos cuando tratan de detenerla.
Poco tiempo más tarde Xion descubre la verdad acerca de ella: es una réplica imperfecta de Sora, creada de sus memorias por Xenmas como un "Plan B" en caso de que Roxas, que la Organización estaba tratando de explotar, resultase no ser de utilidad. Además, Los intentos de Naminé de hacer recordar a Sora sus recuerdos, no afectan solo a Roxas, sino también a Xión hasta el punto de convertirse, físicamente igual que él.Xión ayudada por Riku y Naminé, decide sacrificarse para devolver los recuerdos a Sora, a costa de que nadie se acuerde de ella.Para ello decide enfrentarse a Roxas pues el también alberga algunos recuerdos necesarios para que Sora despierte. Tras una durísima batalla, pasando por diferentes mundos y formas, Xión es derrotada por Roxas. Aunque en un principio Roxas se olvida de ella, cuando la ve muriendo sus recuerdos se reactivan y le saltan las lágrimas al mismo tiempo que Xión muere, no sin antes pedirle que detenga a Xemnas y libere Kingdom Hearts.
Lleno de ira por la muerte de Xion y sus preguntas sin resolver, Roxas decide enfrentarse a la Organización XIII él solo, dejando a Axel al margen. Se encuentra a Riku y luchan. Cuando éste esta casi derrotado, recurre al poder de la oscuridad que se encuentra en su corazón, dándole el poder para derrotar a Roxas, pero también dándole la apariencia de Ansem, el cual está vinculado a su oscuridad. Riku y Diz sitúan a Roxas en la virtual "Villa Crepúsculo" de tal forma que se puede fusionar con Sora, poniendo la escena ya conocida en "Kingdom Hearts II".

Roxas: Es el miembro número XIII de la organización. Roxas es un personaje completamente nuevo introducido en la serie de juegos en Kingdom Hearts II. Es el personaje principal del juego e Incorpóreo de Sora. Puede utilizar la llave-espada.
Roxas es en realidad el Incorpóreo de Sora, nacido cuando éste se clavó la Llave-espada de la oscuridad (perteneciente a Riku) en su corazón, convirtiéndose en una Sombra durante los eventos de Kingdom Hearts. Él y Naminé son los únicos Incorpóreos cuyos originales aun están con vida, lo que en un principio, levantó el interés de DiZ.
Axel: Axel es el miembro número VIII de la Organización XIII, apodado "La Ráfaga de Llamas Danzantes". Es uno de los pocos personajes del grupo que cuenta con un gran peso argumental, estando presente tanto en la historia de Sora como de Roxas. Su pelo rojo llama la atención recordando pues a su elemento: el fuego. Es el más humano de los miembros de la Organización XIII, llegando casi a poseer un corazón de verdad.En la historia se ve que su antiguo nombre es lea sin la "X" y que el y saix ya se conocian e incluso eran amigos.
Xaldin: El número III de la Organización XIII. La palabra Xaldin forma un anagrama: Xaldin - X = Dilan (tras ordenar las letras). Utiliza seis lanzas que le permiten controlar el elemento viento.
Zexion: El número VI de la Organización XIII. Es también conocido como "El Estratega Encapuchado". Su nombre Zexion es un anagrama de Ienzo sin la letra X. Utiliza un lexicon causando ilusiones.
Saix: Saïx es el número VII de la Organización XIII, también llamado "El Adivinador Lunar". Es el segundo al mando en la Organización XIII. Controla a un Incorpóreo llamado Enloquecedor. Utiliza una especie de hacha/cetro llamado Claymore, que se "abre" por la mitad cuando su portador entra en un estado de Locura. Usa el poder de la luna para estar en su estado "enloquecedor" o berserk (así en inglés en el juego).
Xigbar: Xigbar es el número II de la Organización XIII, apodado "El Francotirador" porque utiliza unas pistolas láser. Su nombre verdadero era Braig, uno de los ayudantes de Ansem 'el Sabio'.
Xion (シオン, Shion?): Miembro número XIV de la Organización XIII. Puede ser controlada en el multijugador. Parece tener cierta relación con Roxas. Puede utilizar una llave-espada. Aunque Riku le dice que es falsa. Su nombre es un anagrama de su nombre clave como réplica. No.I = NOI + X = Xion. Ella forma parte de un proyecto dirigido por Vexen y Xemnas para copiar los poderes de Roxas y así tener el poder total de la llave-espada.
Riku: Era el mejor amigo de Sora, pero se separaron sus caminos cuando fue absorbido por la oscuridad y los heartless por medio de la intriga de Maléfica; y se volvió ciego como parte de su nueva versión en la oscuridad.
Naminé: Fue un personaje clave durante el Chain of Memories. Ahora aparece en un cuarto blanco (igual al Castillo del Olvido) en la mansión de Villa Crepúsculo, parece conocer a Xion o saber algo de ella.
Rey Mickey: Es el rey del mundo de Disney, poco se sabe sobre él. No juega un papel importante en este juego, pero es manejable para el modo de misiones.
Sora: Puede desbloquearse al final del juego para utilizarlo en el modo multijugador.

Un jugador: Controlas a Roxas.
Multijugador (Multi-player): Puedes controlar a cualquier miembro de la Organización XIII (Xion incluida), a Riku, al Rey Mickey, a Donald, a Goofy, a Sora y a Roxas en modo "Dual" (con las dos llaves espada).
R: Cámara detrás del personaje.
Pulsar R dos veces: Blanco fijo.
Cruceta: Control.
X: Bajar por la lista del menú (Ataque, magia, objetos).
A: Realizar comando.
B: Salto. Planear. No hay doble salto.
Y: Defenderse. Presiónalo hacia una dirección para hacer voltereta. Tras saltar, púlsalo hacia una dirección para deslizarte. En determinadas llaves espada, para terminar un combo.
Start: Pausa.
Select: Modo ver.