La historia sigue a Otonashi, un adolescente que perdió los recuerdos de su vida después de morir. Al despertar en la otra vida, conoce a una chica llamada Yuri quien lo invita a unirse a la Shinda Sekai Sensen (SSS), una organización que ella fundó y dirige para poder luchar contra Dios para encontrar una solucion lógica a su ya ilógica existencia en ese mundo (el lugar donde ocurre toda la serie podria ser el cielo, o el purgatorio). Este mundo esta compuesto por una tipica escuela publica con unas grandes instalaciones depotivas, ademas, en este mundo, las personas no pueden morir, si lo hacen simplemente reviven. A este mundo van todas las personas que mueren tras tener una infacia y/o adolescencia miserable, y este mundo en realidad representa una nueva oportunidad para que los muertos puedan realizar sus sueños incumplidos en vida. Tras lo cual "desaparecen", que en realidad significa que la persona desaparecida descansa por fin en paz. Esto sin embargo, no es descubierto hasta los ultimos episodios, donde Otonashi, junto con su fiel amigo Hinata, deciden hacer descansar en paz al resto de sus amigos, para luego desaparecer ellos. Los miembros de SSS con memorias de la vida tienen como su único enemigo en la escuela a la presidente del consejo, Tenshi (Ángel), un ser con poderes de ciencia ficción que se encarga de mantener el orden en la escuela y la lucha contra el SSS. Cualquiera que siga las órdenes de Tenshi y se comporta como un estudiante normal en la escuela tambien desapareceran, el destino de los desaparecidos es desconocido al primcipio y se muestra como un destina fatal para los miembros del SSS, que creen que reencarnaran en una pulga acuatica o un alga de coral.