a lo mejor tienes el archivo algo corrupto.
a mi me pasa algo parecido a veces. por ejemplo se me queda en la ruta entre ciudad marina y el lago, se me quedan todos los elementos de color blanco, salvo mi personaje y otros entrenadores. tambien se me queda pillado a veces como a ti...
prueba en quitar el archivo pokemon perla.nds, y descargarte otro archivo de otra pagina, como en
http://www.espalnds.com y lo vuelves a poner. no borres el archivo .sav , porque esa es tu partida guardada.
si persiste el error, no se que decirte. si lo que tienes es un cartucho original, habla con los de la tienda que twe lo vendieron. seguro que no te pondran reparo en cambiartelo si tienes el ticket
espero que te sirva...
y suerte con la lucha (guarda antes de luchar contra el lider del team galaxia, pq si te cargas a

antes de capturarlo no lo podras conseguir...)