Pero una cosa... ¿Pokémon Rojo Fuego no es acaso un juego de Game Boy Advance? Aunque pudieses jugarlo en la M3 DS Real (que no se si esto se puede), no creo que se puedan hacer cambios usando las ranuras de la DS ya que el Rojo Fuego también está diseñado para ponerlo en la Ranura de GBA.
¿A lo mejor te confundiste de juego pokémon que quieres descargar? Si fuese Diamante o Perla, pues bueno, a lo mejor si te deja pasar del Rubí aunque sea descargado el otro, nunca llegué a probarlo.
A lo mejor me equivoco, pero es que lo que dices es raro y casi inviable xD

En la M3DS Real no se puede emular juegos de GameBoy Advance, por desgracia.
Lo que sí se puede es pasar Pokémon de un cartucho original a un juego de flashcard pero de 4ª generación.

En otras tarjetas más potentes que sí emulan Advance, tampoco se podría transferir Pokémon de Advance a Advance ya que una consola no es capaz de emular dos juegos a la vez.

Sí se puede hacer con un cartucho extra de GBA que vienen en algunos modelos de la M3, por lo que sé. Pero jugar a los dos al mismo tiempo es imposible.

Sí, por ahí encontré alguna aplicación que puede hacerlo y probablemente incluso haya más. Recuerda guardar copias de seguridad de las partidas guardadas antes de proceder y no equivocarte al usar el programa, que nunca se sabe.