Ya e vencido al alto mando en pokemon verde hoja y lei en una pagina de internet que despues de pasar la liga pokemon podria atrapar a a a (ya que elegi a al inicio) a a y quisiera saber en que lugar se encuentran estos pokemones y tambien qisiera saber con cual de los dos me recomiendan usar la master ball que tengo.

Bueno, parece que leiste mal.

Para tener acceso a Mewtwo necesitas que despues de pasar la liga (con minimo 60 pokes atrapados) se te dara el national dex y tu aventura continua en las sevii Islands donde resolverás el problema de la Maquina de Celio (amigo de Bill) para poderse enlazar con Hoenn y poder intercambiar sin problemas, para eso necesitas conseguir un RUBÍ y un ZAFIRO en estas islas asi como terminar de enfrentarte al Team Rocket en la Isla 5.
Justo despues de terminar esta travesia (al entregarle el ZAFIRO a Celio) se libera el evento en donde comienza a rondar por todo Kanto Rukario (por tu cituacion de escoger a Squirtle), asi mismo ya podras tener hasta entonces acceso a la Cerulean Cave donde esta Mewtwo

Sin embargo Mew JAMAS aparece de forma atrapable en estas versiones.
Y para capturar a Articuno, Zapdos y Moltres, lo puedes hacer desde que visitas por primera vez la locacion donde esta:

Articuno: Seafoam Islands
Zapdos: Power Plant
Moltres: Mt. Ember (One Island)

Asi que no hay gran ciencia de llegar hasta ellas. Y sobre tu pregunta de con quien usar la MasterBall, solo te puedo decir que almenos mi objetivo en cada juego es jamas usarla, con eso me pruebo que puedo capturar a cualquier pokemon con la naturaleza que yo quiera sin necesidad de usarla aunque me cueste mucho trabajo y varios intentos. Pero si la pienzas usar, supongo que la mejor opcion es tu Raikou, porque él esta rondando por todo Kanto, si lo encuentras en batalla solo tiene oportunidad de atacarlo 1 vez para bajarle de poco en poco HP, despue que este en 1 de HP seria bueno dormirlo y despues sacar un Woboofet para que no escape mientras le lanzas PokeBalls (la que quieras), pero si en esa batalla usa Roar y se te ocurre salvar el juego despues, ya no volvera a aparecer y no lo podras capturar.
Asi que si quieres evitarte todo eso, puedes usar la MasterBall y santo remedio.

En q parte especifica sAle sui cune