Una cosa de ese emulador (que a mi me ha pasado) es que el reloj de esas ediciones se desconfigura o funciona mal.

Con el Visual Boy SI se puede intercambiar pokemon, pero tiene que ser una versión especial para ello, otra opción es usar el pokemon stadium (que es lo que yo uso y no me da ningún problema).

Referente al problema que tienes, puede ser por el formato de la partida, tal vez cambiándolo funcione.

En .sav la carga sin problemas, .sgm son para los save states (guardar con el emulador, no con el juego de forma normal).

La versión que permite intercambiar creo que se llama tradelink (me parece que está en este portal), esta versión guarda con una extensión diferente, sa1 para el emulador 1, sa2 para el emulador 2....y así.